آخوند ملاعلی علاقه خاص و ارتباط نزدیکی با امام خمینی(ره) داشت و همواره ایشان را تأیید می‌کرد. او در تجلیل از امام گفته بود: «حاج آقا روح الله صفحه‌ای در تاریخ به نام خود گشود. ». در جریان دستگیری امام خمینی(ره) در قیام ۱۵ خرداد ۱۳۴۲ ش، ملاعلی از جمله علمایی بود که برای آزادی امام(ره) به تهران سفر کردند.رحلت این عالم ربانی و مراسم باشکوه تشییع و حواشی این مراسم، آغازگر موج اصلی پیروزی انقلاب اسلامی در همدان بود. ‌